Google DeepMind 30 сентября представила SynthID Bio — семейство методов водяных знаков для синтетической биологии. По сообщению блога компании, подпись встраивается прямо в биологический код и остаётся проверяемой не только на цифровой модели, но и на синтезированном физическом белке, при этом в лабораторных тестах биологическая функция белка сохраняется.

Метод меняется в зависимости от типа данных: для последовательностей мягко направляет выбор аминокислот, для предсказанных 3D-структур — корректирует атомные координаты. Для белковых биндеров DeepMind проверила подход вместе с AlphaProteo и версией ProteinMPNN с поддержкой SynthID Bio. В мокрых лабораторных тестах на трёх мишенях (VEGF-A, RBD спайкового белка SARS-CoV-2 и PD-L1) дизайны с водяным знаком совпали с контрольными без знака по hit rate, аффинности связывания и разнообразию природных последовательностей.

Для предсказания укладки белка SynthID Bio донастраивает часть диффузионной сети AlphaFold 3, чтобы водяной знак был заложен в веса модели. По данным компании, точность предсказаний AlphaFold 3 сохраняется, а детектируемость знака близка к полной.

DeepMind связывает технологию с биобезопасностью и целостностью научных баз данных: водяной знак может служить сигналом для скрининга заказов на синтез ДНК и помочь помечать синтетические записи при подаче в Protein Data Bank, UniProt и GenBank. Компания публикует methods paper, открывает код и in vitro данные и выпускает веса для исследовательского сообщества. Контакт для партнёрств указан в блоге: synthidbio@google.com.

Ранее по теме: